Uma vez que o azoto é inerte e não inflamável, pode ajudar a evitar incêndios ou explosões ao deslocar o oxigénio das cubas de armazenamento e das condutas que se utilizam para inflamáveis. A produção de biodiesel através do processo de éster metílico de ácidos gordos envolve tipicamente metanol ou outros álcoois solventes, que são inflamáveis e voláteis a temperaturas e pressões normais (classificação 3 da National Fire Prevention Association). O combustível biodiesel exige uma proteção contra incêndio mínima, dependendo da matéria prima usada (classificação de 1 da NFPA). Por outro lado, a inertização/cobertura com azoto pode aumentar a durabilidade do biodiesel, reduzindo a exposição aos componentes oxidantes e hidrolisantes do ar.